有關擬議中兩岸簽訂CECA，綠營人士質疑可能導致台灣主權淪喪問題；經濟部特別強調：兩岸洽簽CECA或其他經貿協定，均將以WTO架構為基礎，以會員身分進行協商，絕對不會接受一國兩制，也絕對會以公平、對等、尊嚴為基本原則，嚴肅地處理此一問題。
由於WTO（世界貿易組織）多邊貿易體制談判費時、進展緩慢，各國遂紛紛先透過簽訂區域貿易協定，從事貿易自由化及經濟整合，這種區域經濟整合型態有自由貿易協定、關稅同盟、共同市場、經濟同盟。
在目前這股區域經濟整合風潮下，台灣由於中國杯葛，以及其他國家洽簽FTA影響，出現被邊緣化危機，我國產業可能因排擠效應造成競爭力流失。根據出口統計，目前我國已簽署FTA之中美洲5國，僅占我全球出口總額的0.187%，而受限於國際政治因素，對於占我出口比重高達88.7%的亞洲、歐洲及北美等市場，我國迄今為止，均尚無法與該等國家簽署任何的雙邊自由貿易協定，使我廠商面臨極為不利的競爭環境，出口面臨極為不利的嚴峻情勢。
熟悉國際經貿與國內經濟產業的江丙坤早在去年就分析指出，台灣如參與東亞經貿整合，GDP可望成長近0.98%；即使台灣只加入「台灣＋中國＋香港」經貿整合，GDP也預估可成長0.9%。但如果被排除在區域整合之外，就以未能加入「東協＋3（中日韓）」為例，預估GDP將下降0.7%。
經濟部指出，政府除擬議與中國大陸洽簽CECA外，同時也積極推動與美、日、星等主要貿易伙伴洽簽FTA（自由貿易協定），有利台商進行全球布局，並吸引外商來台投資或設立營運總部，使台灣繼續參與全球化並維持國際經貿之重要角色，讓企業在台深耕，提供就業機會。
至於有人質疑兩岸洽簽CECA後，會對台灣帶來失業問題，經濟部強調：規劃中的CECA是以架構協定為基礎，以分階段實施互免關稅為談判方向，而且在初期，我方將考量廠商實際需要，提出要求對方給予我重點產業之早期免稅承諾，嗣後在各階段逐步降稅的期程中，我方也將考量國家整體利益，審慎提出降稅要求，以及我方的降稅承諾。因此，CECA不但不會造成失業，反而會因對我商有利，帶來出口增加、生產活動熱絡，而增加就業機會。另外，經濟部重申，CECA絕對不會對中國大陸開放我國勞工就業市場。